De *** ond分子动力学软件免费吗
abinit、 Siesta是免费软件，提供原代码。处理重金属不准，缺乏相应的赝势。用于计算晶体的电子结构。 Gaussian主要用于分子、离子的计算，可处理激发态，精度高，耗资源。
SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)是一个可以 *** 许可的学术计算软件，用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟。
是。amber分子动力学模拟软件是著名老牌开源分子动力学模拟软件，amber在国外网站下载非常不稳定，容易掉线。
Lammps，gromacs，amber都可以啊，不过安装就比较费事，要有教程啥的，如果不想麻烦你可以先去北鲲云超算平台了解一下这些软件，他们平台都是安装好的。
有免费下载安装包 以下为已整理软件List： MEGA 0.26 MEGA是一款功能强大的进化树软件，用于分析来自物种和种群的DNA和蛋白质序列数据。功能齐全，界面简单直观，非常适合生物学家和科研人员轻松进行进化分析和分子鉴定。
lammps和vasp的区别
1、LAMMPS是分子动力学模拟的软件，vasp是原子尺度材料模拟软件。LAMMPS由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用，这意味着使用者可以根据自己的需要自行修改源代码。
2、转换为lammps格式 将第三步中vasp格式的文件转移到linux操作系统中，使用poscar2lammps脚本将其转换成lammps格式。
3、vasp一般采用周期性边界条件来处理原子、分子、团簇、纳米线，薄膜、晶体、准镜和我定性材料，以及表面体系，也太体系和固体，可以计算材料的结构参数和构型、状态方程和力学性质、电子结构、光学、磁学和晶格动力学性质等等。
4、ms是一个很大的模块。 它包括各种软件。 其中有一个是castep， 它跟vasp很像。 vasp是第一性原理基于平面波赝势的软件。
5、做relaxation的时候基组完全是由盒子的初始大小决定的，而算单点的时候基组是由final geometry决定的，两者不一样，能量自然不同。我猜是这个原因，如果是的话，楼主可以去看一看Pulay Stress的概念，跟这个现象相关。
materialsstudio是先退火再进行分子动力学模拟吗
1、结构分子动力学模拟软件的全局搜索过程可以选用Monte Carlo模拟退火和Monte Carlo并行回火两种算法之一分子动力学模拟软件，求解过程中同时考虑到了优先取向的影响。
2、首先打开materialstudio软件，新建工程。其次进行编辑分子链需要的逻辑语言。最后进行调节温度，运行，得出不同的模拟结果。
3、分子动力学是一套分子模拟 *** ，该 *** 主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，以在由分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。
ovito倒导出来的data文件为什么没有键角信息
1、看样子你系统默认分子动力学模拟软件的Python不是anaconda的那个分子动力学模拟软件，而是你系统里还有一个安装好的Python而ovito并没在那边安装。分子动力学模拟软件我看了一下我电脑上的启动Python时第一行中间应该有写Anaconda， Inc。
2、ovito倒导出来的data文件没有键角信息的原因LAMMPS可以读取的模型文件(仅适合不含键角的模型)。ovito分子动力学模拟软件，OVITO软件(分子动力学模拟软件)V4中文版分类：行业软件大小：649M更新：2021-04-24。
VASP加电场的具体计算步骤是怎么样的
1、) 计算离子未移动时(即平衡状态时)分子动力学模拟软件的极化(polarization)分子动力学模拟软件； 2)手动移动所要计算分子动力学模拟软件的原子的位置分子动力学模拟软件，计算由原子偏离平衡态时的极化。
2、从VASP的官方论坛看到分子动力学模拟软件，原来vasp6已经能计算外加电场的情况。具体的原理可以查看 dipol.F中的注解和提到的文献PRB46， 16967(1992)。
3、LORBIT=1（对USPP）或11（对PAW)对USPP，再加上设置RWIGS。