导读： 当Amnon Amir，Jon Sanders和他们的同事开始在基于板的提取中使用费氏弧菌的阳性对照样品作为验证结果的方法时，他们意外地观察到许多周...
当Amnon Amir，Jon Sanders和他们的同事开始在基于板的提取中使用费氏弧菌的阳性对照样品作为验证结果的方法时，他们意外地观察到许多周围的样品也会在其组成中显示出费氏弧菌。他们着手设计一个实验来量化这个问题，这导致了mSystems中新发表的论文“量化和理解微生物研究中的良好污染” 。
“我们对井到井污染的范围(受影响的样品数量)以及给定样品的读取总量百分比来自井间到井污染感到非常惊讶，”主要作者Jeremiah Minich表示。在纸上。他们发现，井间污染是微生物组研究中污染的主要来源，特别是对低生物量样品的影响最大。Minich和他的团队发现DNA 提取方法是井到井污染的主要驱动因素。
简而言之，如果要进行基于机器人的提取，特别是在进行前期裂解方案时，人们将面临比使用单管提取更高的(~2x)污染率的风险。
“为预测疾病结果或确定与疾病状态相关的临床相关微生物而开发的任何现有管道都需要考虑和估计研究设计中与井间污染相关的噪声，以提高诊断的准确性和分辨率。具体而言，临床微生物组方法简单地减去“阴性”样本中发现的读数或微生物可能会排除其他样本中发现的“真实”微生物，“Minich解释了这可能会影响未来的研究。
他认为公司需要弄清楚并设计出没有太多井污染的试剂盒，并应考虑在标签上报告这些水平。目前，他们已经开发并实施了一种减少井间污染的混合方法，其中包括在单管中进行裂解步骤，然后进行磁珠清理，据信这可以减少井间污染，同时还可以实现低生物量检测。