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Anaconda介绍、安装及使用教程
前言
Python是一种面向对象的解释型计算机程序设计语言，具有跨平台的特点，可以在Linux、macOS以及Windows系统中搭建环境并使用，其编写的代码在不同平台上运行时，几乎不需要做较大的改动就能运行。
Python的应用遍及人工智能、科学计算、Web开发、系统运维、大数据及云计算、金融、游戏开发等，具有数量庞大且功能相对完善的标准库和第三方库。
一、Anaconda
1、简介
Anaconda是大型的科学计算平台，是Python集成开发环境，包含了大量的科学包，能够方便快捷的对程序包进行管理和部署。
2、特点
安装简单包含了数百个科学模块，高效运用于各种项目免费社区支持Anaconda 是跨平台的，有 Windows、macOS、Linux 版本支持多种语言：Python、R、Java等3、包管理工具——conda
3.1 升级
升级Anaconda需要先升级conda
condaupdatecondacondaupdateanacondacondaupdateanaconda-navigator#最新版本的anaconda-navigator
3.2 卸载
Linux、Mac 删除安装路径
rm-rfanaconda
3.3 基本命令
conda--version#查看conda版本condaupdate-nbaseconda#update最新版本的condacondacreate-nxxxx#创建名为xxxx的虚拟环境condacreate-nxxxxpython=3.5#创建包含python3.5的名为xxxx的虚拟环境condaremove-nxxxx--all#删除名为xxxx的虚拟环境condaactivatexxxx#进入xxxx环境sourceactivatexxxxcondadeactivate#退出环境sourceactivatecondaenvlist#显示所有的虚拟环境condainfo--envs#查看当前环境condaclean-p#删除没有用的包condaclean-t#tar打包condaclean-y-all#删除所有的安装包及cache
3.4 对包的操作
condalist#查看所有已经安装的包condalist-nxxxx#指定查看xxxx虚拟环境下安装的packagecondainstall-nxxxxxxx#在指定环境中安装xxx包condaupdatexxx#更新包xxxcondauninstallxxx#卸载包xxx
3.5 镜像源
condaconfig--show#查看已经安装过的镜像源condaconfig--removechannelsurl#删除url源condaconfig--addchannels#添加url源condaconfig--setshow_channel_urlsyes#从channel中安装包时显示channel的url
修改配置文件 ~/.condarc
channels:-https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/-https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/-https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/-defaultsshow_channel_urls:true
查看是否生效
condainfo
4、pip
4.1 基本命令
pip--version#查看版本pip--help#获取帮助pipinstall-Upip#升级pippipinstallpkg#安装包pipinstallpkg=version#安装指定版本的包pipinstall--upgradepkg#升级包pipuninstallpkg#卸载包pipsearchpkg#搜索包pipshow#显示安装包信息pipshow-fpkg#查看指定包的详细信息piplist#列出已安装的包piplist-o#查看可升级的包
4、2 升级
Linux、Mac
pipinstall--upgradepip
windows
python-mpipinstall-Upip
4、3 镜像源
临时使用清华源
pipinstall-ihttps://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simplesome-package
永久修改
Linux、Mac：~/.pip/pip.conf
windows：C:\Users\xx\pip\pip.ini
[global]index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple# 阿里云 http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ # 中国科技大学 https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/ # 豆瓣(douban) http://pypi.douban.com/simple/ # 清华大学 https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/ # 中国科学技术大学 http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/[install]trusted-host = mirrors.aliyun.com
二、安装
官网地址：https://www.anaconda.com/
1、Windows
安装时一般默认就行，在Advanced Installation Options这一步，不要勾选Add Anaconda to my PATH environment variable
2、Linux
命令行安装
bash~/Downloads/Anaconda3-5.0.1-MacOSX-x86_64.sh安装过程中，出现提示Press Enter to confirm the location, Press CTRL-C to cancel the installation or specify an alternate installation directory.如果接受默认安装路径，则会显示 PREFIX=/home/<user>/anaconda<2 or 3> 并且继续安装。出现提示Do you wish the installer to prepend the Anaconda install location to PATH in your /home/<user>/.bash_profile ?建议输入yes。
3、Mac
前面直接下一步
在这，可以点击Change Install Location来改变安装位置。
完成！
点击Anaconda-Navigator的图标，打开
启动成功，说明安装完成。
三、jupyter
1、notebook环境配置
1.1、Windows
打开控制面板->系统->高级系统设置->环境变量，选中系统变量中的path进行添加
在Anaconda安装位置下的的Script目录及Library\bin目录复制进去，如
2、配置
2.1、生成配置文件
jupyternotebook--generate-config
2.2、设置密码
jupyternotebookpassword#这步设置的密码用于浏览器访问时输入
2.3、修改配置文件
Windows
C:\Users\Administrator\.jupyter\jupyter_notebook_config.py
Linux、Mac
vim~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py
#前面的#去掉c.NotebookApp.ip='*'#开启所有的IP访问，即可使用远程访问c.NotebookApp.open_browser=False#关闭启动后的自动开启浏览器c.NotebookApp.port=8888#设置端口8888，也可用其他的，比如1080，8080等等c.NotebookApp.notebook_dir=’‘#设置notebook默认打开的目录c.PAMAuthenticator.encoding='utf8'#指定utf-8编码，解决读取中文路径或者文件乱码问题
2.4、启动notebook
jupyternotebook#启动notebookjupyterlab#启动lab
2.5 远程登录
启动notebook之后在浏览器中输入启动是打印的网址或者：
localhost:port/tree#进入jupyternotebooklocalhost:port/lab#进入jupyterlab
jupyter在服务器服务器，想在本地浏览器访问时，需要在终端输入命令
ssh-N-Llocalhost:7777:login-0-0.local:12315dengxsh4490@10.100.2.10
注：localhost:7777指定本地浏览器需要输入的地址，login-0-0.local:12315代表服务器运行jupyter时打印的输出信息中的地址
3、jupyter kernel
3.1 扩展 R kernel
install.package('IRkernel')#displayname指定jupyter中显示的名字IRkernel::installspec(name='ir32',displayname='R3.2')
3.2 查看kernel
jupyterkernelspeclist
3.3 卸载指定kernel
jupyterkernelspecremovekernel_name
四、jupyter 插件
1、jupyter notebook 插件
1.1、安装并激活 jupyter_contrib_nbextensions
pipinstalljupyter_contrib_nbextensionsjupytercontribnbextensioninstall--user
1.2、 安装并启用 Jupyter Nbextensions Configurator
pipinstalljupyter_nbextensions_configuratorjupyternbextensions_configuratorenable--user
1.3、conda安装的方式
condainstall-cconda-forgejupyter_contrib_nbextensionscondainstall-cconda-forgejupyter_nbextensions_configurator
可替代1.1和1.2
完成后，在启动 jupyter notebook后可在浏览器菜单栏中多了一栏
选中想要的插件即可添加
1.4、插件选择
Variable Inspector：这是一个查看变量的插件
Table of Contents：自动生成目录插件
Table of Contents：自动生成目录插件
Codefolding：代码折叠
Autopep8：自动代码格式优化
AutoSaveTime：控制脚本的自动保存时间
Hide Input All： 隐藏所有的代码单元，保持所有的输出和 markdown 单元可见
Spellchecker： 对 markdown 单元中的内容进行拼写检查
插件很多，可根据需要添加
2、jupyter lab插件
介绍几款好用的插件
注：安装这些插件需要先安装 node，并将node添加到环境变量中。安装时请注意node版本
2.1、toc
这是一个目录插件，安装后就能很方便地在Lab上展示notebook或者markdown的目录。目录可以滚动，并且能展示或隐藏子目录。
https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/jupyterlab/jupyterlab-toc
2.2、LaTeX
支持在线编辑并预览LaTeX文档。
https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/jupyterlab/jupyterlab-latex
2.3、drawio
可以在Lab中启用drawio绘图工具，是一款非常棒的流程图工具。
https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/QuantStack/jupyterlab-drawio
2.4、variableinspector
该插件可以在Lab中展示代码中的变量及其属性，类似RStudio中的变量检查器。
https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/lckr/jupyterlab-variableInspector
2.5、go to Definition
该插件用于在Lab笔记本和文件编辑器中跳转到变量或函数的定义。
https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/krassowski/jupyterlab-go-to-definition
2.6、lsp
该插件用于自动补全、参数建议、函数文档查询、跳转定义等。
https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/krassowski/jupyterlab-lsp
2.7 spreadsheet
该插件用于在Lab上显示excel表格，只读
https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/quigleyj97/jupyterlab-spreadsheet
2.8、debugger
可用于试调
condainstallxeus-python=0.8.0-cconda-forgejupyterlabextensioninstall@jupyterlab/debugger
https://github.com/jupyterlab/debugger
2.9、matplotlib、dash、plotly等可交互式绘图
帮助我们在notebook界面配合matplotlib实现交互式的作图，只需要在绘图之前执行魔法命令%matplotlib widget
matplotlib：https://github.com/matplotlib/ipympl
plotly：https://github.com/plotly/plotly.py
2.10、kite
在jupyter lab使用kite代码补全服务
https://github.com/kiteco/jupyterlab-kite
2、查看conda源，如何用conda查看镜像源
软件安装是生信分析的基础，除了掌握基本的软件安装理论外之后 (Linux - 命令运行监测和软件安装），就是去下载源码安装或使用包管理工具安装通常操作都没问题时，软件却怎么都装不上，这一般都是网络问题所以你需要一个能够快速访问的镜像，下载快还不容易断，今天小编就来说说关于如何用conda查看镜像源?下面更多详细答案一起来看看吧!
如何用conda查看镜像源
软件安装是生信分析的基础，除了掌握基本的软件安装理论外之后 (Linux - 命令运行监测和软件安装），就是去下载源码安装或使用包管理工具安装。通常操作都没问题时，软件却怎么都装不上，这一般都是网络问题。所以你需要一个能够快速访问的镜像，下载快还不容易断。
国内的镜像比较全的有清华镜像 (https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)和阿里云镜像 (https://developer.aliyun.com/mirror/)。下面以清华镜像为例 (阿里云镜像没有conda)，展示下其操作。
Conda镜像Conda增加清华的镜像，运行下面的代码 (后添加的通道优先级更高)
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/mainconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/rconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/proconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
或直接把下面文字拷贝到 ~/.condarc中 (越靠前的优先级越高)
channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
Python包管理工具 pip镜像可以每次安装时加-i参数 (或使用alias命令)。
注意，simple不能少, 是https而不是 http。
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple some-package
升级 pip 到最新的版本 (>=10.0.0) 后进行永久配置：
pip install pip -Upip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
R包安装镜像CRAN和Bioconductor的镜像
安装前现运行这几句话，或把这几句话放在~/.Rprofile或~/.Profile.site文件下 (Windows里面的路径是C:\Program Files\R\R-3.6.1\etc)。
local({r <- getOption("repos")r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"options(repos=r)})options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
自动安装包
# 安装BiocManagerif (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")# 获取已安装包a = rownames(installed.packages())install_package <- c("RColorBrewer", "gplots", "agricolae","optparse")# 判断包是否存在，不存在则安装for (i in install_package) { if (!i %in% a) BiocManager::install(i, update = F)}
如果是Github的包安装起来比较慢，可以考虑在码云（https://gitee.com/）注册个账户，把`Github`的库先克隆到码云 （点击几下就可以实现，码云的服务器访问Github还是很快的），然后再下载到本地安装即可。
HomeBrewMac下默认的不少Linux命令如awk, sed，cat等与Linux下使用方式有些差别，通常需要安装GNU系列的对应命令来统一代码操作。可以通过brew安装，但brew update过程默认是极其的慢，也需要改一下镜像。
安装Brew
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
配置镜像
# brew 程序本身，Homebrew/Linuxbrew 相同git -C "$(brew --repo)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/brew.git# 索引的镜像# 以下针对 mac OS 系统上的 Homebrewgit -C "$(brew --repo homebrew/core)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-core.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask-fonts)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask-fonts.gitgit -C "$(brew --repo homebrew/cask-drivers)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask-drivers.git# 更换后测试工作是否正常brew update# 软件包的镜像echo 'export HOMEBREW_BOTTLE_DOMAIN=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/homebrew-bottles' >> ~/.bash_profilesource ~/.bash_profile
安装相应的gnu系列工具
#brew install bashbrew install coreutilsbrew install gawkbrew install gnu-sed
其它镜像还有其它镜像，如Perl的CPAN，Linux操作系统安装包，Linux操作系统自带包管理工具(yum/apt)的源，Docker镜像等。
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