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一、阴阳的对立制约——揭示同一思想内在差异的方法
揭示同一思想的内在差异，就是揭示一个完整思想或一个整体事物的内在矛盾，或内在的对立规定性。只有把其内在矛盾揭示出来，才能对这一思想(或事物)的认识深刻化、具体化。
马克思在《资本论》中对商品的认识，没有停留在“商品是为交换而生产的劳动产品”的一般性认识上，而是进一步揭示出商品具有价值和使用价值的二重性，使人们对商品的认识具体化了。阴阳的对立制约认为，自然界的一切事物或现象都存在着相互对立的阴阳两个方面，无论是自然现象，还是人体生命运动都要把一个整体分为阴阳两个方面去研究，即张景岳在《类经·阴阳类》所说：“阴阳者，一分为二也”。并且，阴阳中还分阴阳，形成了逐级阴阳(矛盾)分析法。所以，阴阳的对立制约思想，实质上是揭示同一(整体)思想内在差异的方法，正是这一思想使中医理论从人体的生理、病理，到疾病的诊断、治疗，始终从矛盾的两方面去分析把握。
正常的生命运动是阴与阳达成的动态平衡状态;疾病的产生是阴与阳平衡失调的结果;诊断疾病要察色、按脉、先别阴阳;治疗过程就是调整阴阳重新回归平衡的过程。对人体脏腑的认识，首先区分为藏与象，藏中有脏有腑，脏中还进一步揭示出脏阴与脏阳，如心阴、心阳;肾阴、肾阳之别。建立了中医学的“生命就是对立运动”的辩证思维的理论命题，奠定了中医辩证逻辑体系的根基——反映事物整体的对立规定性。
二、阴阳的依存互根——把握不同思想间相互联系的方法
不同思想是指整体事物内部的不同规定性。本来事物不同规定性之间都存在固有联系，由于受认识能力所限，往往把这些固有联系割裂了。要想真正认识一个事物，就要善于把握住这些不同思想所固有的相互联系。如本质与现象、原因与结果，虽然相互不同，但无不是相互联系的。
阴阳依存互根思想就是中医学把握整体内部不同规定性即阴与阳间相互联系的工具。认为任何事物内部的阴与阳两个方面既是相互对立的，又是相互依存的，任何一方都不能脱离另一方而单独存在。例如，人体最本质的生理功能是兴奋和抑制，兴奋属阳，抑制属阴，没有兴奋，就无所谓抑制;没有抑制，就无所谓兴奋。再如，物质与功能之间，物质属阴，功能属阳，功能是物质运动的结果，世界上没有不运动的物质，因而也就不存在没有功能的物质和没有物质运动的功能，揭示了不同思想兴奋与抑制、物质与功能依存互根的内在联系。
这一思想早在《素问·阴阳应象大论》就总结为：“阴在内，阳之守也;阳在外，阴之使也”。这是两千多年前中国医哲们对把握不同思想相互联系的深刻理解、生动描述。因而，阴阳的依存互根思想成为中医理论认识气与血、藏与象、证与症、证与病、物质与物质、功能与功能、物质与功能间联系的理论依据，把握住了不同思想间的内在联系。
三、阴阳的相互转化——认识对立思想在一定条件下相互转化的方法
对立思想指反映事物整体或系统的对立方面、对立层次、对立阶段的不同思想，如成功与失败、优势与劣势等。只看到他们彼些对立是不够的，因为任何事物对立的一方，无一不在一定条件下向对立的方面转化。
阴阳学说也认识到对立的阴阳双方，在一定条件下可以各自向其相反方向转化。《灵枢·论疾诊尺》说：“四时之变，寒暑之胜，重阴必阳，重阳必阴，故阴主寒，阳主热，故寒甚则热，热甚则寒，故曰：寒生热，热生寒，此阴阳之变也”。揭示出对立双方发展到物极阶段，就会向其对立面转化。
以此来认识把握人体生理过程中物质与功能、功能与物质、气与血、血与气、功能活动的兴奋性与抑制性的转换;病理过程中的表里、寒热、虚实的转化。使中医理论的辩证思维没有停留在只揭示对立规定性上，而且进一步认识到对立的阴阳双方在一定条件下可以转化，建立了中医学的运动转化观念。
四、阴阳的动态平衡——使对立思想统一为整体的方法
对立思想在一定条件下相互统一，结合为整体，是辩证思维的重要形式。因为辩证思维的根本任务就在于将对立的抽象思想辩证地统一起来，形成对立思想的统一体，以把握具体事物辩证矛盾的整体。例如，将光的粒子性观念和波动性观念统一起来，形成光的波粒二象性观念，采取的就是使对立思想相互统一的形式。阴阳平衡理论认为，阴阳双方既对立制约又依存互根，维持了阴阳平衡状态，旨正在于使对立的两方面能统一在一个整体之中。例如，正常的生命活动是机体阴与阳两方既对立制约，防止一方偏亢；又依存互根，相互转化，防止对方不足，形成的“阴平阳秘“状态，即阴与阳对立中达成的统一平衡。再如，肺的宣发与肃降；肺主呼气与肾主纳气；心火下降与肾水升腾；脾主升清与胃主降浊；肝升肺降等既性质对立又在生命活动的某一层面上统一起来，维持了正常的生命运动。因此，阴阳的既对立制约又依存互根形成的阴阳统一平衡的理论是中医理论中天地一体、天人相应、机体内各脏器的完整统一性思想的理论基础，建立了中医理论中支柱性的命题——整体观念，贯穿于理论体系的始终。
由于阴阳学说的对立制约、依存互根、消长转化、动态平衡具有揭示同一思想内在差异、把握不同思想的相互联系、认识对立思想在一定条件下相互转化和统一为整体的思想能力。所以，以阴阳学说为思维规律，推演的中医理论体系，是一个辩证逻辑体系，而且是一个自觉的辩证思维体系，并不是自发的辩证思维体系。是自觉的还是自发的辩证思维体系，以是否有对立统一思维律指导来衡量和确定。中医理论几千年来一直在阴阳学说的指导下，始终保持理论体系的辩证思维性质和辩证逻辑体系，因而是自觉的辩证思维体系。它与亚里士多德创造的，西方科技和西方医学应用的形式逻辑，是根本不同的两种逻辑科学理论。中医辩证逻辑体系是中华民族在人类逻辑思维科学领域中的一大创举和贡献。
阴阳学说作为对立统一思维律，在建构中医辩证逻辑体系过程中，指导中医学建立了“生命就是对立运动”、“整体观念”，等重要的理论命题；并且决定了中医学认识生命运动、分析病理变化及临床诊断、治疗疾病的思维过程是逐级矛盾（阴阳）分析方法；还控制着理论体系的概念、判断和推理形式。因而，阴阳学说是研究中医理论体系的切入点，是一把钥匙。难怪《内经·灵枢·病传篇》说：“何谓日醒？曰：明于阴阳，如惑之解，如醉之醒”。关键在于站在什么基点上的“解”和“醒”，只有站在现代逻辑原理的高度，才能认识到“阴阳”是中医理论体系的逻辑起点，阴阳学说中的对立制约、依存互根、消长转化、动态平衡四条基本定律，是建构中医辩证逻辑体系的对立统一思维律。
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